Kết quả không hợp lệ được đưa ra khi chất lượng mẫu bệnh phẩm không đạt. Thời gian lấy mẫu không chính xác, lấy quá sớm (1 - 3 ngày) sau khi phơi nhiễm gây ra âm tính giả, do vi rút chưa kịp nhân lên đủ lượng để phát hiện. Lấy mẫu quá trễ (thường từ ngày bệnh thứ 17 trở đi) cũng gây ra âm tính giả do cơ thể đã đào thải hết vi rút.