Tải lượng vi rút có thể thay đổi tùy thuộc vào loại bệnh phẩm được lấy và lượng bệnh phẩm được thu thập. Các biến đổi bên ngoài có thể ảnh hưởng đến giá trị CT, bao gồm vận chuyển mẫu, điều kiện bảo quản mẫu, mẫu được đông lạnh/rã đông bao nhiêu lần và dụng cụ thực hiện xét nghiệm. Hiện nay vẫn chưa xác định được cần bao nhiêu vi rút để lây từ người sang người và gây ra các sự nhiễm khuẩn mới. Bởi vì giá trị CT có thể thay đổi dựa trên nhiều yếu tố, nó không phải là một chỉ số tốt để thể hiện mức độ lây nhiễm của một người hoặc lượng vi rút đang hiện diện trong người đó (còn gọi là tải lượng vi rút). Giá trị CT cũng có thể thay đổi dựa trên giai đoạn lây nhiễm, vì số lượng vi rút có trong người có thể thay đổi trong quá trình diễn biến bệnh của họ. Một mẫu bệnh phẩm có thể có giá trị CT cao hơn (tải lượng vi rút thấp) nếu bệnh nhân mới nhiễm bệnh và vi rút vẫn đang gia tăng trong cơ thể của họ, hoặc trong giai đoạn sau này của quá trình lây nhiễm khi tải lượng vi rút đang giảm. Trong cả hai ví dụ này, giá trị CT vẫn thể hiện việc có phát hiện vi rút và người đó sẽ vẫn được coi là dương tính với SARS-CoV-2.